Wątpliwości mogą budzić kwestie związane z odliczeniami podatku VAT. Ogromnego znaczenia w tym zakresie nabrało ustalenie prewspółczynnika, gdyż większość wydatków gmina odlicza na podstawie proporcji. Minister Finansów wprowadził, co prawda rekomendowany przez siebie sposób ustalania prewspółczynnika, przy czym jest to sposób, którego obliczenie wymaga wnikliwej analizy treści stosownego rozporządzenia oraz sprawozdań finansowych jednostek organizacyjnych. Ustawodawca wprowadził możliwość stosowania innego, własnego klucza dla odliczeń częściowych podatku VAT, przy czym wybranie własnej metody wiąże się z większym ryzykiem, gdyż wskazanie metody bardziej reprezentatywnej jest w istocie kwestią pozostającą uznaniu organu podatkowego, gminy i ewentualnie sądu administracyjnego.
W takim przypadku niezwykle ważne jest zastosowanie odpowiedniej argumentacji dla stosowania własnej metody. W szczególności, jeżeli w toku postępowania podatkowego organ zajmuje stanowisko odmienne niż gmina, wykazanie słuszności stanowiska gminy może mieć znaczenie dla rozstrzygnięcia tej kwestii przez sąd administracyjny.
Różnica w proporcji własnej i obliczonej zgodnie z wytycznymi Ministra Finansów często bywa znacząca, co przekłada się na wysokość odliczanego podatku VAT. Przyjęcie niewłaściwej metody może skutkować wysokimi sankcjami podatkowymi i odsetkami.
Nasza Kancelaria oferuje doradztwo w zakresie ustalenia prewspółczynnika, w szczególności: obliczenia zgodnie z wytycznymi Ministra Finansów, opracowania własnej, bardziej reprezentatywnej metody i wystąpienie w tym zakresie z wnioskiem o wydanie interpretacji indywidualnej jak również reprezentowanie gminy przed sądami administracyjnymi.